Mnova umożliwia przetwarzanie dużych zbiorów danych o najlepszej jakości w celu uzyskania najbardziej precyzyjnych wyników. Dla dużych zbiorów danych o 20-200 widmach, ręczne przetwarzanie nie jest już możliwe. Mnova umożliwia zautomatyzowanie przetwarzanie dużych zestawów danych biofluidów w celu wyodrębnienia pliku ASCII gotowego do pomiaru statystycznego. Mnova zawiera wydajne dedykowane algorytmy korekcji fazowej i podstawowej dla widm 1D i 2D biofluidów w celu uzyskania prawidłowej oceny ilościowej.

Pierwsze kroki

Mnova może być używana do dużych zbiorów danych dotyczących widm biopłynów na dwa główne sposoby, w zależności od wielkości zbioru danych. Zastosowana może być:

• metoda graficzna (<100 widm): ten tryb umożliwia wykonywanie wszystkich poleceń przetwarzania w grupie widm jednocześnie umożliwiając interakcję ze wszystkimi widmami w tym samym czasie
• metoda skryptowa (>100 widm): użytkownik będzie musiał otworzyć tylko jedno widmo zbioru danych i zoptymalizować przetwarzanie, aby zastosować je do pozostałych widm, korzystając z możliwości użycia skryptów w pakiecie Mnova

Metoda graficzna

1. Gdy zbiór danych jest mały, możemy przeciągnąć foldery widm do Mnova w celu pełnego przetworzenia widm. W tym przypadku przeciągnęliśmy 16 folderów widmowych do ikony Mnova. Po około 5 sekundach wszystkie widma zostały w pełni przetworzone, jak widać na poniższym ekranie
   
   
   
2. Wybieramy wszystkie widma w nawigatorze stron, aby utworzyć spiętrzone widma. Możemy to zrobić, naciskając Ctrl + A lub wybierając w menu: Edycja / Zaznacz wszystko, a następnie klikając przycisk Stack Spectra (na lewym pasku narzędzi) lub przechodząc do menu Narzędzia / Stack Spectra
   
   
   
3. Wybieramy jedno z nich (Active Spectrum w menu rozwijalnego Stack) i zastosowujemy niezbędne przetwarzanie i analizę (korekty fazy i linii bazowej, odrzucanie niepotrzebnych danych (binning), tłumienie sygnału). Operacje dla pierwszego spektrum będą stosowane jednocześnie w całym zestawie danych
   
   
   Mnova zawiera kilka specyficznych cech dla próbek biopłynów; takie jak algorytmy korekcji automatycznej fazy i linii bazowej, tłumienia rozpuszczalnika (w celu usunięcia na przykład sygnału dyspersyjnego wody), bazowania automatycznego strojenia, binning (lub bucketing), globalnej dekonwolucji widma (prace w toku)
   
   
4. Po przetworzeniu i analizie, możemy wyeksportować do pliku ASCII dla PCA lub PLS, wybierając polecenie menu Plik / Zapisz jako / plik tekstowy ASCII (* .txt)
   
   
   Możliwe będzie nałożenie wszystkich widm w celu podwójnego sprawdzenia na przykład, czy wszystkie widma są idealnie wyrównane. Aby to zrobić, zaznaczamy spiętrzone widma i przechodzimy do menu Tools / Superimpose Spectra
   
   
   

Metoda skryptowa

Mnova zawiera funkcje skryptów do automatyzacji poprzedniego procesu z możliwością tworzenia szablonów przetwarzania, które mogą być używane z naszym silnikiem skryptowym do przetwarzania wsadowego. Mnova zawiera potężną i elastyczną funkcjonalność, która pozwala użytkownikowi w łatwy sposób zautomatyzować pełne przetwarzanie zestawów danych 1D i 2D NMR. Jest to idealne rozwiązanie do przetwarzania wsadowego widm tego samego typu, a dodatkowo może zawierać również operacje analityczne. Na przykład załóżmy, że mamy 20 widm protonowych, które chcemy przetworzyć przy użyciu tych samych operacji przetwarzania. Procedura jest bardzo prosta:

1. Załadowanie jednego widma i przetwarzanie ich według potrzeb
2. Przechodzimy do Process / Full Processing. Pojawi się następujące okno dialogowe
   
   
   To okno dialogowe zawiera wszystkie funkcje przetwarzania i analizy zaimplementowane w Mnova. Można wybrać wymagane opcje, zaznaczając pola wyboru i, jeśli to konieczne, określić opcje, klikając przycisk obok odpowiedniego polecenia
   
   
3. Po uzyskaniu wyniku, zapisujemy plik skryptu w pliku Mnova Processing (* .mnp), klikając przycisk zapisu w oknie dialogowym. Po zapisaniu tego szablonu będzie możliwe uruchomienie skryptu, aby przetworzyć wszystkie widma w ten sam sposób. Jeśli liczba zestawów danych jest zbyt duża, Mnova może otwierać, przetwarzać (apodyzacja, FT, Zero Filling, LP, korekcja fazy i linii bazowej), analizować (binning itp.), zapisywać do pliku ASCII i zamykać widmo, w celu otwarcia następnego i kontynuowania przetwarzania (aby uniknąć nadmiernego użycia pamięci). Jeśli liczba nie jest duża, Mnova może w pełni przetworzyć wszystkie widma na ekranie
   
   
   Można użyć poniższego skryptu, aby zautomatyzować powyższy proces i zapisać cały wynik w tym samym pliku ASCII. Stworzony skrypt należy następnie skopiować do folderu skryptów Mnova, zrestartować oprogramowanie, a finalnie skrypt pojawi się w menu Skrypty
   
   
   
   Należy pamiętać, że linkn do tego skryptu (i każdeg innego) można umieścić na pasku narzędzi, używając funkcji dostosowywania paska narzędzi (View/Toolbars/Customize Toolbars)

Aby przeczytać więcej o skryptach Mnova, proponujemy zapoznanie się z odpowiednim rozdziałem Podręcznika Mnova (.pdf). Można go pobraż z naszej strony, z sejcji Do pobrania.