Analiza perturbacji przesunięć chemicznych (CSP) w opracowywaniu nowych leków


Wydajne narzędzie automatyzujące procesowanie danych spektroskopowych typu 2D HSQC (Heteronuclear Single Quantum Coherence) oraz obliczające wartości stałych dysocjacji K_d dla zestawu pików. Przeprowadzając analizy statystyczne K_d dla pików wielokrotnych można równie wysyłać zmierzone CSP do innych aplikacji (afinimetrów) dla zaawansowanej analizy z użyciem różnych powiązanych modeli.

Możliwości modułu

• Intuicyjny przepływ pracy pozwalający na analizę perturbacji przesunięć chemicznych CSP w sposób interaktywny i w pełni automatyczny
• Automatyczne śledzenie przesunięć pików oraz pomiar CSP, dopasowanie do koncentracji ligandów w celu obliczenia wartości stałych dysocjacji
• Narzędzia przetwarzania i układania widm 2D HSQC. Są one wyświetlane w różnych kolorach
• Korekta automatycznego śledzenia przesunięć pików w zagęszczonych obszarach
• Prosty eksport danych CSP do dalszych analiz

Śledzenie pików

Skumulowane widma HSQC z CSP są automatycznie śledzone i mierzone. Rysunek po lewej pokazuje ruch dwóch przypisanych pików. Okno dialogowe po prawej pokazuje szczegóły jednego ze śledzonych pików "13C-H", w tym stosunek stężeń liganda / białka, zmierzone CSP w dowolnym wymiarze, znormalizowanie CSP i dopasowanie wyników Kd i błędu.

Pomiar i dopasowanie

Zakładka ogólna „Chemical Shift Perturbation” pokazuje listę schematów kolorów dla widm miareczkowania, stężeń białka, stężeń ligandów i stosunku stężenia ligandu do białka. Pokazuje również listę pomiarów CSP i dopasowanie Kd dla wszystkich analizowanych pików, a także średni i standardowy błąd Kd.

W pełni automatyczne analizy

Seria miareczkowań może być określona przez ich umieszczenie po kolei w "pliku miareczkowania". Nazwy ligandów są kodowane w "pliku ligandów". Gdy CSP automatycznie uruchamia analizę, tworzy różne pliki Mnova dla każdego miareczkowania wymienionego w "pliku miareczkowania", a dokumenty Mnova są odpowiednio nazwane nazwami ligandów.